การหาลำดับเบสของจีโนมทั้งหมด (Whole genome sequencing) สามารถไขข้อสงสัยนี้ได้ การเปรียบเทียบจำนวนสนิปส์ (Single nucleotide polymorphisms หรือ SNPs) ระหว่างตัวอย่างเชื้อที่แยกได้สองตัวอย่าง จะช่วยเผยให้เห็นถึงความเกี่ยวข้องกันทางพันธุกรรม ในขณะที่การวิเคราะห์การมีอยู่ของพลาสมิดร่วมกัน (Pling) จะช่วยเพิ่มหลักฐานอีกชั้นหนึ่งที่สามารถชี้ไปที่ความเชื่อมโยงของการแพร่เชื้อได้ ระยะห่างที่ต่ำกว่าเกณฑ์ที่ตกลงกันไว้บ่งชี้ว่ามีการกลายพันธุ์น้อยมากระหว่างสองตัวอย่าง ซึ่งสนับสนุนความเชื่อมโยงของการแพร่เชื้อที่แท้จริง

การหาลำดับเบสเป็นกระบวนการที่ช้าและมีค่าใช้จ่ายสูงในการปฏิบัติงานประจำวัน "เรากำลังพูดถึงระดับวันหรือบางครั้งก็เป็นสัปดาห์ ขึ้นอยู่กับขีดความสามารถของโรงพยาบาล" ทิมกล่าว โรงพยาบาลหลายแห่งไม่มีระบบการหาลำดับเบสอย่างรวดเร็วภายในองค์กร และต้องส่งตัวอย่างออกไปตรวจภายนอก

การตัดสินใจไม่สามารถรอได้นานขนาดนั้น ดังนั้นทีมป้องกันและควบคุมการติดเชื้อ (IPC) จึงต้องดำเนินการโดยอิงจากข้อมูลที่ไม่ครบถ้วน:

• การจัดกลุ่มผู้ป่วย (Cohorting) หากแยกผู้ป่วยสองรายให้อยู่ร่วมกัน ทั้งที่ในความเป็นจริงแล้วไม่ได้มีการแพร่เชื้อให้แก่กัน การตัดสินใจดังกล่าวจะทำให้พวกเขามีความเสี่ยงมากกว่าการแยกพวกเขาให้อยู่ห่างกัน

• สิ่งแวดล้อมและการปฏิบัติงาน บริเวณอ่างล้างมือที่ปนเปื้อนหรือความหละหลวมในการปฏิบัติงานด้าน IPC ในหอผู้ป่วยจำเป็นต้องใช้เวลา เงิน และการสืบสวน การทุ่มเททรัพยากรเหล่านั้นให้กับเหตุบังเอิญจะทำให้ขาดแคลนทรัพยากรในจุดที่จำเป็นจริงๆ